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たまに Shift_JIS のメールの charset を cp932 だと書いて送ってくるメーラーがある(X-Mailer: Apple Mail (2.1077)とか)。
ちゃんと Content-Transfer-Encoding: base64 は指定されてるので、base64 として復号すると、Shift_JIS っぽく読めるのだが、Thunderbird では指定してあげないと化ける(cp932って名前が IANA に登録されてないのかも)。
そこで対処法として $インストールした位置/App/thunderbird/res あたりに charsetalias.properties というファイルがあるので、そいつに cp932=Shift_JIS って行を追加すると、cp932 っていう名前を Shift_JIS のエイリアスとして扱ってくれる模様。
